Autentificare
Dacă ești abonat medichub.ro, autentificarea se face cu adresa de E-mail și parola pe care le utilizezi pentru a intra în platformă.
Abonează-te la „Viața medicală” ca să ai acces la întreg conținutul săptămânalului adresat profesioniștilor din Sănătate!
#DinRecunostinta
Căutare:
Căutare:
Acasă  »  PROIECTE  »  Dosar

Limita de detecţie a testelor RT-PCR

Există peste 100 de teste de detecţie și cuantificare a SARS-CoV-2 la pacienţi aprobate de Administraţia Alimentelor și Medicamentelor (FDA) din SUA.

Monitorizarea evoluţiei pandemiei de COVID-19 necesită testarea extinsă pentru identificarea persoanelor infectate și pentru limitarea răspândirii infecţiei cu SARS-CoV-2. În prezent, standardul de aur îl reprezintă testele RT-qPCR din probe nazofaringiene. Există peste 100 de teste de detecţie și cuantificare a SARS-CoV-2 la pacienţi aprobate de Administraţia Alimentelor și Medicamentelor (FDA) din SUA.

Cea mai mare parte a documentaţiei din prezent – Emergency Use Authorization (EUA) și Instructions for Use (IFU) – privind testele de detecţie a SARS-CoV-2 prin RT-qPCR și prin alte metode (NGS, Hibridizare, Izoterm, CRISPR, NAAT, RT-ddPCR, RT-dPCR) nu este structurată într-un format standard.

Se fac eforturi pentru standardizarea și introducerea acestor informaţii în baze de date online adnotate, precum FindDx (https://www.finddx.org/) sau COVID-19 Testing Project (https://covidtestingproject.org/index.html).

La nivel global există iniţiative precum competiţia COVID-19 XPRIZE, Open Covid Screen (https://opencovidscreen.org/), care încearcă să identifice noi opţiuni de testare ieftine, de înaltă calitate și scalabile.

Pacienţii cu COVID-19 prezintă o paletă foarte largă de viremii, de 9 la 2,5 miliarde de cópii virale/mL, cu majoritatea viremi­ilor între 300 și 100 de milioane de cópii/mL, domeniu în care rata de rezultate fals-negative crește cu circa 13% la o creștere de 10 ori a limitei de detecţie (LoD).

Majoritatea testelor RT-qPCR recunosc secvenţe din 1-3 regiuni genomice ale SARS-CoV-2 (în special din regiunile ORF1ab, E și N). Toate testele RT-qPCR pentru detecţia SARS-CoV-2 aprobate au atât sensibilitatea, cât și specificitatea de peste 95% la concentraţii virale peste limita proprie de detecţie.

Cele mai sensibile teste comerciale prezintă o limită de detecţie de 9 cópii/mL și sunt inerent cantitative, ceea ce permite estimarea încărcăturii virale pe baza numărului de cicluri până la limita de detecţie (Ct) (Figură).

figura
Limita de detecţie în cópii/μL pentru cele mai precise teste SARS-CoV-2 actuale. Genomul 5,–3, al SARS-CoV-2 este pe axa orizontală, iar testele, pe axa verticală. Testele sunt de tip RT-qPCR (cerc) sau Izoterm (triunghi) și pot avea o singură ţintă (roșu) sau ţinte multiple (maro) în regiunea indicată. Fiecare linie indică o sursă de teste (companie sau instituţie). Figură adaptată după Figura 2 din Matthew J. MacKay et al., The COVID-19 XPRIZE and the need for scalable, fast and widespread testing, NatureBiotechnology volume 38, 1021–1024 (2020).

 

Studiile privind testele RT-qPCR indică valori Ct puternic corelate (R2 = 0,70) în cazul perechilor de teste pe probe luate de la același pacient cu COVID-19 la un interval de 6 ore, ceea ce dovedește repetabilitatea ridicată a metodei.

Dat fiind faptul că eficienţa de amplificare scade mult pe măsură ce numărul de cicluri PCR crește, încărcătura virală trebuie calculată pe baza trendului observat dintre eficienţă și valoarea Ct, și nu doar ca 2 la puterea valorii Ct.

Specificitatea medie a testelor nou aprobate este în continuă creștere. Majoritatea testelor au valori ale limitei de detecţie de 500-10.000 de cópii/mL. Spre exemplu, un test care are o limită de detecţie de
6.250 cópii/mL conduce la o sensitivitate clinică estimată de 67% și o rată de rezultate fals-negative de 33% (o treime dintre pacienţi).

Cel mai puţin sensibile teste utilizate în prezent sunt teste antigenice cu o limită de detecţie de 540.000-600.000 de cópii/mL. În schimb, unul dintre primele teste de detecţie a antigenilor SARS-CoV-2 avea o limită de detecţie de 6.000.000 de cópii/mL, ceea ce a condus la o sensitivitate clinică estimată de numai 31%, sau la 7 din 10 pacienţi bolnavi rămași
nediagnosticaţi.

Încărcătura virală a SARS-CoV-2 oferă date utile privind gradul de infectivitate momentană a pacientului și există indicii că aceasta afectează, de asemenea, prognoza bolii. Desigur, pacienţii cu viremii mici prezintă un grad de infectivitate foarte scăzut la momentul testării, dar pot deveni infecţiosi sau chiar suprainfecţiosi pe măsură ce boala evoluează.

Majoritatea statelor le-au impus cetăţenilor care intră în ţară prezentarea unui test RT-PCR negativ efectuat recent. Testele COVID-19 fals negative bazate pe LoD scăzută sau, mai grav, cele negative falsificate utilizate pentru a evita restricţiile de călătorie și regulile de carantinare pot crea confuzie sau genera situaţii neplăcute, chiar cu conotaţii diplomatice.

De asemenea, testele fals negative ca urmare a LoD scăzută și nu a calităţii probei recoltate au o implicaţie directă în izolarea persoanelor SARS-CoV-2 pozitive și în transmiterea infecţiei.

În concluzie, valorile limitei de detecţie ale testelor SARS-CoV-2 au un impact direct asupra eforturilor de identificare, control și limitare a focarelor pandemiei de COVID-19.



Bibliografie:
1. RamyArnaout et al. SARS-CoV2 Testing: The Limit of Detection Matters, bioRxiv. Preprint. 2020 Jun 4
2. SARS-CoV-2 Reference Panel Comparative Data, https://www.fda.gov/medical-devices/coronavirus0covid-19-and-medical-devices/sars-cov-2-reference-panel-comparative-data/
3. Matthew J. MacKay et al., The COVID-19 XPRIZE andtheneed for scalable, fast, and widespread testing, NatureBiotechnology volume 38, 1021–1024 (2020)
4. CuiyanTan et al., SARS-CoV-2 viremia may predict rapid deterioration of COVID-19 patients, Braz J Infect Dis. Nov-Dec 2020;24(6):565-569

Etichete: teste PCR SARS-CoV- 2 pacienti covid rezultate teste covid-19 teste covid

Abonează-te la Viața Medicală

Dacă vrei să fii la curent cu tot ce se întâmplă în lumea medicală, abonează-te la „Viața Medicală”, săptămânalul profesional, social și cultural al medicilor și asistenților din România!
  • Tipărit + digital – 200 de lei
  • Digital – 129 lei
Titularii abonamentelor pe 12 luni sunt creditați astfel de:
  • Colegiul Medicilor Stomatologi din România – 5 ore de EMC
  • Colegiul Farmaciștilor din România – 10 ore de EFC
  • OBBCSSR – 7 ore de formare profesională continuă
  • OAMGMAMR – 5 ore de EMC
Află mai multe informații despre oferta de abonare.