Autentificare
Dacă ești abonat medichub.ro, autentificarea se face cu adresa de E-mail și parola pe care le utilizezi pentru a intra în platformă.
Abonează-te la „Viața medicală” ca să ai acces la întreg conținutul săptămânalului adresat profesioniștilor din Sănătate!
#DinRecunostinta
Căutare:
Căutare:
Acasă

Metode de secvențiere genetică (3)

Viața Medicală
Dr. Nicoleta-Monica FOTEA vineri, 1 aprilie 2016
     Pirosecvențierea. Tehnica Roche 454 sau pirosecvențierea, asemănător cu metoda Illumina, secvențiază concomitent multiple fragmente, prin înregistrarea semnalelor optice pe parcurs ce bazele nucleotidice sunt adăugate. Probele ADN sau ARN sunt fragmentate în secvențe scurte, dar, spre deosebire de Illumina, mult mai mari, de până la 1.000 de perechi de baze. Secvențele adaptor sunt adăugate la capete și apoi prin intermediul lor fragmentele de ADN se atașează la nivelul suportului fizic unde va avea loc procesul de amplificare. Secvențierea se realizează pe un suport PicoTiterPlate prin adăugarea de nucleotide. Componentele reacției sunt fragmentele de ADN, tamponul de reacție și patru enzime: ADN-polimeraza care încorporează nucleotidele, ATP-sulfurilaza care convertește PPi-pirofosfatul în ATP în prezența adenozin-5-fosfosulfat, luciferaza care oxidează luciferina în prezența ATP și generează lumină și apiraza care degradează nucleotidele neincorporate și excesul de ATP. La final se generează cromatograme pentru fiecare secvență citită, ce arată intensitatea semnalului luminos pentru fiecare adăugare de nucleotid. Secvența se determină ulterior computațional din intensitatea semnalului.
     Secvențierea Ion torrent. Spre deosebire de Illumina și 454, Ion torrent sau Ion proton nu folosește semnalele optice, ci eliberarea de H+ după adiția unui dNTP. Schimbările de pH, dacă sunt prezente determină câte baze s-au adăugat după fiecare ciclu.
     Principalele avantaje ale tehnicilor de nouă generație (NGS), față de secvențierea Sanger, sunt: rapiditatea, dimensiunea probelor, costul și acuratețea. Tehnicile NGS sunt semnificativ mai rapide, mai ieftine, necesită o cantitate mică a probei ADN și sunt mai precise comparativ cu secvențierea clasică.
     În metoda Sanger sunt necesare fragmente multiple de ADN pentru fiecare bază nucleotidică secvențiată. Tehnicile NGS sunt rapide pentru că reacțiile chimice sunt combinate cu detecția semnalului. În Sanger, aceste două procese sunt separate și, mai mult decât atât, numai o citire de maximum 1.000 de perechi de baze poate fi analizată odată, spre deosebire de NGS, unde secvențierea este paralelă, permițând citirea a 300 Gb la un singur ciclu, pe un singur cip. Astfel, costul a fost redus considerabil. Dacă secvențierea primului genom uman prin metoda Sanger a costat trei miliarde de dolari, în prezent, costul s-a redus la o mie de dolari*.
     Având toate acestea în vedere, ce se poate realiza astăzi cu noile tehnici de secvențiere? Care sunt descoperirile aduse de NGS în medicină și care este aplicabilitatea lor în diagnosticul și/sau tratamentul unor patologii umane? Aduc acestea numai avantaje sau analizarea lor necesită precauție în traducerea semnificației biologice a polimorfismelor evidențiate de secvențierea genomică? Răspunsurile – într-un număr viitor.

 

 

 

 

*Check Hayden E. Is the $1,000 genome for real? Nature. 2014 Jan 15

Abonează-te la Viața Medicală

Dacă vrei să fii la curent cu tot ce se întâmplă în lumea medicală, abonează-te la „Viața Medicală”, săptămânalul profesional, social și cultural al medicilor și asistenților din România!
  • Tipărit + digital – 160 de lei
  • Digital – 103 lei
Titularii abonamentelor pe 12 luni sunt creditați astfel de:
  • Colegiul Medicilor Stomatologi din România – 5 ore de EMC
  • Colegiul Farmaciștilor din România – 10 ore de EFC
  • OBBCSSR – 7 ore de formare profesională continuă
  • OAMGMAMR – 5 ore de EMC
Află mai multe informații despre oferta de abonare.